Geopark Jogja berada di kawasan pertemuan Lempeng Benua Eurasia dan Lempeng Samudera Indo-Australia. Geopark Jogja membentang di 4 (empat) kabupaten/kota yakni Kabupaten Sleman, Kabupaten Kulon Progo, Kabupaten Bantul dan Kota Yogyakarta. Kawasan Geopark Jogja membentang di 294 kalurahan / desa. Secara geografis, geopark ini terletak di 7°33' - 8°1' Lintang Selatan dan 110°0' - 110°32' Bujur Timur. 

Kawasan Geopark Jogja memiliki geografi fisik yang beragam. Hal ini dikarenakan, rintisan geopark ini membentang dari Gunung Merapi hingga tepi lautan (pantai) Parangtritis. Karakteristik di bagian utara merupakan dataran tinggi, di bagian tengah merupakan perbukitan serta dibagian selatan merupakan dataran rendah dan berbatasan dengan Samudera Hindia. Kawasan Geopark Jogja yang dimulai dari Gunung Merapi menyebabkan lokasi ini memiliki akuifer kompleks, batu dan pasir berkualitas baik serta tanah yang relatif subur. Tiga sungai besar yang melintas di kawasan ini juga menambah kemudahan bagi penduduk untuk bercocok tanam. Geopark Jogja juga merupakan kawasan tidak rawan terhadap banjir karena tanahnya yang porous dan curam. Selain itu, adanya perbukitan yang membentang di bagian barat (Perbukitan Menoreh) dan di bagian timur (Perbukitan Batur Agung) membentuk benteng alam yang menambah keistimewaan kawasan ini. 

DIY yang terletak di Pulau Jawa, berada ditepi barat daya dan selatan wilayah Paparan Sunda (Sunda Shelf) serta merupakan bagian tenggara dari Lempeng Eurasia. Pulau Jawa pada dasarnya merupakan pulau gunungapi yang dihasilkan dari pergerakan ke utara Lempeng Indo-Australia yang menunjam di bawah Paparan Sunda di sepanjang Palung Jawa (Java Trench). Geopark Jogja merupakan artefak sejarah pembentukan Pulau Jawa selama 4 (empat) periode, mulai dari Masa Samudera Purwa, Masa Gunungapi Purba, Masa Samudera Jaya dan Masa Gunungapi Merapi (Seba). Hal ini memunculkan 2 (dua) potensi yang luar biasa. Pertama, Geopark Jogja memiliki keunikan komponen geologi seperti mineral, batuan, fosil, strukur geologi, dan bentang alam. Kedua, kawasan geopark ini menyimpan potensi bencana yang harus disikapi secara bijak.

Masa Samudera Purwa/ Sebelum Kejayaan Gunungapi Purba terjadi pada kala Eosen (36 - 60 juta tahun lalu). Pada masa ini terjadi proses pengikisan (erosi) batuan-dasar yang tersingkap dan berlangsung proses sedimentasi pertama. Pada waktu ini umumnya terjadi proses pengendapan yang berupa pengendapan sungai, danau dan laut dangkal yang dicirikan oleh singkapan konglomerat, batugamping berfosil (mengandung fosil fauna Nummulites yang merupakan fosil indek Kala Eosen), dan batupasir kuarsa.

Masa Gunungapi Purba terjadi 16 - 36 juta tahun yang lalu. Pada masa ini proses pergerakan lempeng terus terjadi. Kejadian berikutnya adalah Pulau Jawa yang tadinya merupakan penyatuan antara kontinen Paparan Sunda dan mikrokontinen Jawa Timur kemudian ‘ditabrak’ dari selatan oleh Lempeng Indo-Australia yang beringsut ke utara dan menunjam di palung di selatan Pulau Jawa. Kejadian ini menjadi kejadian utama dalam sejarah pembentukan Pulau Jawa, yaitu proses pembentukan gunungapi-gunungapi yang tersebar di bagian Selatan Pulau Jawa, yang kemudian menjadi tulang punggung Pulau Jawa. Pada masa ini terjadi proses volkanisme yang sangat dahsyat, yang dibuktikan dengan ditemukannya banyak sekali singkapan batuan-batuan piroklastik (hasil erupsi gunungapi) dan batuan volkanik lainnya yang sangat tebal. Produk dari proses ini disebut sebagai OAF (Old Andesite Formation). 

Masa Samudera Jaya / Sesudah Gunungapi Purba terjadi 2 - 16 juta tahun yang lalu. Seiring perjalanan waktu, proses keaktifan gunungapi OAF berangsur turun atau bahkan menjadi tidak aktif. Pada masa itu hampir seluruh Pulau Jawa tergenang laut, dengan proses biota laut yang berkembang dengan baik. Kondisi air laut yang menggenangi Pulau Jawa ini tenang, jernih, sumber makanan cukup, dan cahaya matahari yang dapat masuk ke laut cukup baik sehingga kemudian terbentuklah suatu koloni koral (kompleks terumbu) yang sangat luas. Hasil kejadian ini terekam dari tersingkapnya batugamping terumbu yang sangat tebal dan luas di sepanjang zona selatan Pulau Jawa (Batugamping Wonosari).

Masa Gunungapi Seba (masa kini) terjadi proses pembentukan gunungapi muda seperti yang terlihat di sepanjang bagian tengah Pulau Jawa, yakni jalur gunungapi masakini yang terdiri dari gunungapi aktif seperti Gunung Merapi dkk. Kejadian ini masih diikuti pula dengan pengangkatan, pemiringan, erosi, serta pertumbuhan terumbu secara ekstensif yang mungkin bahkan masih berlangsung hingga saat ini karena proses penunjaman Lempeng Indo-Australia di bawah Pulau Jawa masih berlangsung.