Situs goa karst tertinggi di Pulau Jawa dengan elevasi 700 mdpl yang menjadi rekaman penting Masa Samudera Jaya yang menandakan berakhirnya Masa Gunungapi Purba Old Andesite Formation (OAF). Situs ini merupakan dan pengangkatan batuan karbonat platform Formasi Jonggrangan.

Goa ini merupakan bagian dari Perbukitan Menoreh. Goa Kiskendo merupakan goa yang dikelola oleh Pemerintah Kabupaten Kulon Progo. Dari Goa Kiskendo ini bisa menembus ke Goa Seplawan yang berada di Kabupaten Purworejo (Jawa Tengah), bukan hal yang aneh karena letak dari Goa Kiskendo sendiri sangat berdekatan atau berbatasan langsung dengan Kabupaten Purworejo, sebagaimana gambar diatas.

Secara administratif Goa Kiskendo berada di Kalurahan Jatimulyo, Kapanewon Girimulyo, Kabupaten Kulon Progo, Daerah Istimewa Yogyakarta, yaitu pada koordinat 7° 44' 51.791" Lintang Selatan, 110° 7' 51.652" Bujur Timur , kurang lebih 38 kilometer dari kota Yogyakarta dan 21 kilometer dari kota Wates. Perjalanan dari Pusat kota Yogyakarta menuju Goa Kiskendo memakan waktu sekitar 2 jam, akses untuk jalan menuju goa ini beraspal dan muat untuk mobil dan kendaraan roda dua.

Pada Situs Goa Kiskendo dijumpai adanya kontak formasi batuan yang berbeda umur secara tidak selaras (disconformity) antara satuan batuan Old Andesite Formation (OAF) berupa andesit yang berumur sekitar 23-15 juta tahun yang lalu dan batugamping Formasi Jonggrangan yang berumur sekitar (15-5 juta tahun yang lalu).

Goa Kiskendo merupakan laboratorium alam gunungapi purba dan batugamping Formasi Jonggrangan. Situs Goa Kiskendo juga termasuk dalam Satuan Ruang Strategis Kasultanan Perbukitan Menoreh. Konon, di situs ini pula terjadi legenda pertarungan Subali Sugriwa. 

Berangkat dari legenda ini pula, Goa Kiskendo dikembangkan sebagai geowisata yang dihiasi dengan patung dan relief yang menceritakan pertarungan Subali Sugriwa dengan Mahesasura dan patih Lembusura.